南明短暂的存在，是明末通讯主要靠人马的产物。当时李自成的农民军攻克北京，崇祯自尽，此时江南绝大部分地区都还是效忠大明朝的，南方相对平静，在南京的官员，也做好了从海路迎接太子朱慈烺来南京监国的准备。
南京在明朝初年，就是明太祖定的首都，虎踞龙蟠之地。后来到了永乐年间，明成祖朱棣发动靖难之役，起事攻打侄儿建文帝，夺了皇位登基，迁都北平。南京作为留都，一直保留了六部、督察院等一整套与京城相对应的官僚机构，但南京的各衙门多为虚衔，崇祯十七年，握有实权的，是大明留南京的首席大臣、兵部尚书史可法。
崇祯十七年三月二十日，吴三桂和吴应熊就派人去告知史可法、左良玉等将领，太子已安全到关宁军中，但宋献策后来又派人从京城传出假消息，说崇祯的三个儿子都被大顺军俘获。一时间，真假太子难辨，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣、太监、拥兵自重的将帅，就在拥立哪一位藩王监国展开了一场勾心斗角的内斗。
史可法还算忠义，一边派教过太子读书的老师方拱乾、杨士聪，还有司礼监的太监马朝进和东宫伴读丘志忠等人去吴三桂的关宁军大营辨认太子，一边也加入了拥立藩王监国的权力争斗，因为生逢乱世，万事皆有可能，一步错则满盘皆输，史可法也要给自己的家族留一条后路。
当时，以血统亲近论，崇祯帝的祖父神宗朱翊钧的子孙有福王朱由崧、惠王朱常润、桂王朱常瀛；神宗兄弟的儿子则有潞王朱常淓。按照封建伦序观念，应该首先考虑福王、桂王、惠王。而在福王、桂王、惠王中，福王朱由崧又处于优先地位，继统更为适宜，而且桂王、惠王在张献忠部进入湖南时逃往广西，此时距南京还较远，福王却近在淮安。
在继位伦序和地理上，福王朱由崧都占了明显有利地位。朱由崧的身世显赫，他是在万历帝时差一点被立为帝的福王朱常洵之子，十岁时朱由崧被封为德昌郡王，后来又立为福世子，李自成攻破福藩洛阳，杀了老福王朱常洵。朱由崧和母亲邹氏好不容易逃出一死。尽管后来袭了福王的虚封，可那时天下大乱，朱由崧自然在洛阳站不住脚，只好四处流串，生活无着。破落王孙，在权贵眼里跟乞丐没什么两样。所以江南士绅中部分东林党人，从狭隘的一己私利出发，以福王昏庸为名，坚决反对立福王，内中隐情要追溯到天启朝时，朱由崧的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，从万历到天启朝廷上围绕储君问题展开的“妖书”、“梃击”、“移宫”等轰动一时的案件都同郑贵妃有关，正是由于东林党人的力争，神宗和郑贵妃希望立福王朱常洵为太子的图谋才化为泡影。东林党人已和福藩结下不解之仇，因此，他们担心一旦福王朱由崧登上帝位，重翻旧案，趁机报复，所以以东林领袖钱谦益为首，以立贤为名，大张旗鼓地推出了一个莫名其妙的继承人潞王朱常淓。
在籍礼部侍郎钱谦益当时被视为东林党魁，他两次从原籍常熟赶往南京，以“立贤”为名，到处游说，提议迎立潞王朱常淓，支持钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言等人。
这时，人言可畏，但更重要的是握有实权的人发话，于是南京兵部尚书史可法的态度就很关键。史可法是东林党人左光斗的得意门生，也对拥戴福藩继统心存疑虑，但又担心舍亲立疏将引起更大的政治风波。
在南京被拥潞王、拥福王两派人士弄得左右为难时，经过反复考虑，史可法暗自前往浦口同凤阳总督马士英会面。
史可法偷偷跑去浦口约见掌握三镇兵马的凤阳总督马士英，跟马士英密谈，指出福王朱由崧“贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司”，不值得拥立。
马士英的身份只是一个地方军阀，但他掌握三镇五万人马，有心要立个大功，于是两人很快达成了一致意见，秘密商定出一个既不得罪钱谦益等东林党人，又不影响自己掌权的方案，即放弃福王和潞王，两个热门人选都不立，另外拥立桂王朱常瀛。
史可法遂于到达浦口的劝进，固辞未获，勉循舆情，暂受监国之号，朝见臣民于南都，孤夙夜竞竞，惟思迅扫妖氛，廓清大难。德凉任重，如坠谷渊，同仇是助，犹赖尔臣民。其与天下更始，可大赦天下。”
就任监国之后，朱由崧依照廷臣的推荐，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事；马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，仍任凤阳总督。而就在这时，吴三桂携带太子朱慈烺返回京城登基称明帝的消息传来，教过太子读书的老师方拱乾、杨士聪，还有司礼监太监马朝进和东宫伴读丘志忠等人也从京城回到南京，说吴三桂拥立的太子为真，史可法和东林党人这才松了一口气，暗自庆幸自己办事留有余地，力请福王朱由崧去掉监国之号，臣服明帝！
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