此外，梁山好汉损失惨重还有一个重要原因，那就是北宋朝廷希望坐山观虎斗，两败俱伤是愿意看到的结局。这是不可调和的矛盾，从最开始就已经埋下祸根。当初朝廷希望能够对梁山水泊的土匪们进行招安，从朝廷的角度当然是想要分解反对势力，最终实现安稳统治天下。但是梁山好汉们却不这样考虑，首先是大多数人并不赞同招安，主要是不相信朝廷会既往不咎，如果朝廷一旦反悔，梁山将受到灭顶之灾。在同意招安的人的劝说下，梁山最终集体被朝廷招安，但是为了打消心中的疑虑，梁山集团也提出一个条件，梁山要单独组成军队，并且始终保持完整，不能被随意分割。这是梁山好汉们能够想到的最好办法了，但实际上朝廷是不可能容忍他们成为一股独立于朝廷管理的军队，这是统治阶层的禁忌。同时，朝廷看到梁山军队在之前的战斗中所向披靡，更加忌惮这股草寇的势力，但是并不敢有所表示，其实早已在心中决定利用好平定方腊这个机会。
在征讨方腊过程中，宋朝是派出了大量的宋军与梁山军队协同作战，但是到战场上后，梁山军队发现这些宋军根本靠不住，他们的位置永远处于战场的大后方，根本不会来到前线与方腊军队拼命。宋朝军队以坐看鹬蚌相争的心态，等待方腊与梁山打得两败俱伤，任凭宋江多次向宋军刘光世祈求增援，宋军真正出兵来帮助梁山军队是不可能的，只是做做样子而已。到此为止，相信对梁山好汉的结局已经非常清楚。可以说，这是从决定服从朝廷招安时就已经注定的结局，官与贼是不可能和平长久相处的，宋江想要通过接受朝廷招安来洗白，看似光明大道，实则是万丈深渊。
宋江率众弟兄围剿方腊，最着名的战斗有：
润州之战：这是征方腊的第一战，战果很不错，灭了一个吕枢密和“江南十二神”，只有3个地星战死。此战之后，方宋两方战果如此之大的情形就再也没有过了。此战之后宋江和卢俊义兵分两路行动。
苏杭之战：宋江指挥，前期打的很顺利，灭了三大王方貌和手下八名飞天将军。中期打的是方天定，也比较顺利，但张顺战死。后期对上了方腊手下的四大元帅：石宝、邓元觉、司行方、历天阎，死伤很惨重，张清、董平、徐宁、雷横、索超都是死在杭州城下。但成功击杀了司行方。
歙州之战：卢俊义指挥，解珍、解宝两兄弟战死，但卢俊义也斩杀了敌帅历天阎。
乌龙岭之战：宋江指挥，最艰苦的一战，乌龙岭为方腊的最后要塞。两方死伤无数。宋军很难攻进岭中。此战方腊军石宝表现很活跃。后靠增援的朝廷军队两面夹攻才勉强占领此地，石宝自杀。此战基本决定了方腊的灭亡。
