清朝道光年后，由于国力衰弱，宣布撤三山陈设，清漪园逐渐荒废。
咸丰十年（1860年），清漪园被英法联军大火烧毁。
光绪十年至二十一年（1884年至1895年），为慈禧太后退居休养，以光绪帝名义下令重建清漪园。由于经费有限，乃集中财力修复前山建筑群，并在昆明湖四周加筑围墙，改名颐和园，成为离宫。
光绪二十八年（1902年）修复。颐和园尽管大体上全面恢复了清漪园的景观，但很多质量上有所下降。许多高层建筑由于经费的关系被迫减矮，尺度也有所缩小。如文昌阁城楼从三层减为两层，乐寿堂从重檐改为单檐，也有加高的建筑，如大戏楼。苏州街被焚毁后再也没有恢复。由于慈禧偏爱苏式彩画，许多房屋亭廊的彩画也由和玺彩画变为苏式彩画，在细节上改变了清漪园的原貌。
宣统三年（1911年）十二月二十五日溥仪退位，颐和园作为溥仪私产，仍由清室内务府管理。
颐和园是晚清最高统治者在紫禁城之外最重要的政治和外交活动中心，是中国近代历史的重要见证与诸多重大历史事件的发生地。
由于皇家经费逐年短欠，清室财源日趋枯竭，为补贴园林的财政，民国三年（1914年）1月14日，清室内务府将颐和园改为售票参观。4月外交部、内务部、步军统领衙门和清室内务府商定：“于开放游览之中、寓存筹款之意”，提出《颐和园等处售券试办章程》。规定从5月6日开始正式对社会售票。
自2019年1月1日起，颐和园的门票收入由税务部门负责征收。
颐和园占地面积达293公顷，主要由万寿山和昆明湖两部分组成。各种形式的宫殿园林建筑3000余间，大致可分为行政、生活、游览三个部分。
以仁寿殿为中心的行政区，是当年慈禧太后和光绪皇帝坐朝听政，会见外宾的地方。仁寿殿后是三座大型四合院：乐寿堂、玉澜堂和宜芸馆，分别为慈禧、光绪和后妃们居住的地方。宜芸馆东侧的德和园大戏楼是清代三大戏楼之一。
颐和园自万寿山顶的智慧海向下，由佛香阁、德辉殿、排云殿、排云门、云辉玉宇坊，构成了一条层次分明的中轴线。山下是一条长700多米的“长廊”，长廊枋梁上有彩画8000多幅，号称“世界京上行走，并许其专折奏事。自四月二十三日宣布变法后，光绪帝曾连赴颐和园12次，召见维新派人士，筹划变法事宜。八月初四日（9月19日），慈禧太后自颐和园回宫。两天后，她发动政变，囚禁光绪帝，逮捕杀害维新派人士，戊戌变法失败。在变法期间（6月至9月间），慈禧一直住在颐和园。颐和园成为守旧派反对变法、准备政变的中枢。变法失败后，光绪被长期幽禁在园中的玉澜堂。
光绪二十六年（1900年）八国联军入侵bj，西苑、颐和园电灯公所两套发电机组及电灯设备均被毁坏。园内建筑及文物遭八国联军破坏。七月二十一日（8月15日），慈禧太后和光绪帝经颐和园出逃。七月二十五日（8月19日），俄国军队首先侵占颐和园。以后，日、英、意军又相继占据。颐和园在被占期间，所存珍宝被侵略者抢掠一空，不少建筑再遭焚毁。
1902年，清政府筹银1249万两重修西苑与颐和园两处电力设施。
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