在统治热那亚时期，多里亚以贵族的视角对宪法进行了改革，消除了困扰共和国数世纪的派系，建立了一个由城市主要贵族家庭组成的新寡头政府，形成了28个“阿尔贝尔吉”（alberghi）或“家族”。</p>
这些新兴统治阶级的28个阿尔贝尔吉包括了西波家族（cybo）、多里亚家族（doria）、菲斯基家族（fieschi）、朱斯提尼亚尼家族（gitiani）、格里马尔迪家族（grialdi）、因佩里亚尔家族（iperiale）、帕拉维奇诺家族（palvico）和斯皮诺拉家族（spo）等。</p>
他拒绝了担任热那亚领主甚至公爵的提议，但接受了“永久审查官”的职位，直到去世都在共和国的理事会中发挥着重要影响。</p>
在这个背景下，“审查官”的称号源于古罗马的意义，即一位备受尊敬的高级公职人员，而非现代意义上与审查相关的含义。</p>
他获得了两座宫殿、许多特权，以及“解放者与祖国之父”（liberator et pater patriae）的称号。</p>
他定居在位于法索洛（faslo）的一座新修复的别墅内，该别墅是文艺复兴时期的杰作，名为“王子别墅”（vil del prcipe），位于现已拆除的圣托马索门（porta di san toa）外，直到去世一直居住在那里。</p>
为了保护恢复后的共和国免受未来外敌的攻击，安德烈亚·多里亚赞助了新城墙的建设。</p>
这座城墙于16世纪30年代建成，由军事工程师乔万尼·玛丽亚·奥尔贾提（giovanni aria olgiati）设计。</p>
新城墙实际上沿袭了14世纪旧墙的路径，但将旧有的方形塔楼和墙体替换为新的幕墙和三角形堡垒。</p>
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多里亚再次开始专注对付奥斯曼帝国和巴巴里海盗。</p>
1529年，西班牙舰长罗德里戈·德·波图多（rodrigo de portundo）被海雷丁·巴巴罗萨的副手艾丁（ayd）和萨利赫（salih）击败。</p>
多里亚雇佣了法国雇佣军，发动了对巴巴罗萨保护下的谢尔谢尔（cherchell）的攻击，洗劫了该港口并解放了许多基督教囚犯，由于雇佣军纪律涣散，当他的舰队在土耳其人到来之前不得不启航时，他最终抛弃了他们，任其自生自灭。</p>
1532年9月，针对四月土耳其入侵匈牙利的情况，多里亚带领一支由西班牙和热那亚组成的舰队，出动48艘战舰和35艘其他船只，攻击了爱琴海的奥斯曼阵地。</p>
他抵达达达尼尔海峡和伯罗奔尼撒半岛，夺取了科罗内（rone）和帕特雷（patras）。</p>
次年，奥斯曼帝国试图通过吕特菲帕夏（tfi pasha）指挥的庞大舰队收复科罗内，但多里亚以巧妙的战术将其击败，在无风的情况下通过用他的战舰拖拽船只来机动应对土耳其舰队。</p>
爱德蒙·于连·德·拉·格拉维耶（edond jurien de gravière）将他在战斗中的战术称为16世纪最巧妙的海上作战之一。</p>
巴巴罗萨则从阿尔及尔和突尼斯发起了自己的攻势，他的犹太副手西南·雷斯（san reis）给予了支持。</p>
1535年，查理五世号召征服突尼斯，多里亚与另一位新兴的海军指挥官阿尔瓦罗·德·巴赞（álvaro de bazán the elder）共同分享海军指挥权。</p>
舰队成功占领了突尼斯，但巴巴罗萨成功逃脱。</p>
